Genelkurmay, Sedat Peker operasyonunda ortaya çıkan TSK’yla ilgili iddialar üzerine idari soruşturma başlattı. Genelkurmay Başkanlığı, Peker’in, eski Kara Kuvvetleri Komutanı Aytaç Yalman’ın özel kaleminde çalışan üst rütbeli bir subayla diyaloğu olduğu yolundaki iddiaları incelemeye aldı. TSK’nin internet sitesinde yapılan açıklamada, şöyle denildi:

‘9 Ekim 2004 tarihli bazı basın-yayın organlarında, bir şahsın gözaltına alınması ile ilgili olarak bazı haberler yer almıştır. Yargıya intikal eden olayın ilgili bölümü hakkında ayrıca Genelkurmay Başkanlığı tarafından idari tahkikata başlanılmıştır.’

Eski Kara Kuvvetleri Komutanı Aytaç Yalman da, adının Sedat Peker’le yan yana getirilmesine tepki gösterdi. Emekli Orgeneral Yalman, ‘Anılan şahısla kişisel veya emrimde görev yapan özel karargáhım vasıtasıyla hiçbir yerde, hiçbir irtibatım olmamıştır. Olması da mümkün değildir’ dedi. Yalman açıklamasında şunları söyledi:

‘Vatandaşın bilgi edinme hakkına son derece saygılıyım. Ancak şahsımı ve TSK personelini yıpratma amaçlı olduğu izlenimi veren bu tür haberlerin, TSK personelini karalayarak, halkın kafasında soru işaretleri oluşturmayı hedeflemekte olduğunu değerlendirmekteyim.’