Milli Güvenlik Kurulu'yla ilgili önemli bir tabu yıkılmak üzere. Yönetmeliğinden kadrolarına, çalışmalarından, bütçesine tam bir gizlilik içinde faaliyet gösteren Milli Güvenlik Kurulu Genel Sekreterliği tam anlamıyla şeffaflaşma yolunda. Genel sekreterliğin hem yönetmeliği hem de kadroları üzerindeki gizlilik kuralı kaldırılacak.
Genel sekreterliğin hazırladığı yönetmelik taslağı üzerinde çalışan hükümet, yönetmeliğin ve genel sekreterliğin kadroları üzerindeki gizlilik kuralının kaldırılmasını istedi. Askeri makamların da öneriyi kabul etmesi üzerine, iki maddelik bir yasa değişikliği üzerinde çalışma başlatıldı.
Hükümet ayrıca, genel sekreterlikteki asker sivil arasındaki farklı sicil uygulamasını da değiştirmek istiyor. Mevcut uygulamada, Milli Güvenlik Kurulu Genel Sekreterliği başbakanlığa bağlı olmakla birlikte, genel sekreterliğin asker görevlilerinin sicil amiri asker, sivil çalışanların sicil amiri de sivil. Ancak hükümet, sivil/asker ayırımını ortadan kaldırarak, kim kimin üstündeyse, asker sivil farketmeden sözkonusu kişinin amirinin o olmasını istiyor.
Öte yandan genel sekreterlik hükümete gönderdiği yönetmelik taslağında, kadro küçülmesini de beraberinde getirecek teşkilat yapısında gerekli değişiklikleri yaptı. Ancak genel sekreterlik mevcut kadroların emekli olana kadar görevlerini sürdürmesini önerdi. Bu öneri hükümet tarafından kabul görmedi.
Hükümet görüşlerini pazartesi günü askeri makamlara iletecek. İki taraf arasındaki görüşmelerin ardından, yönetmeliğe 21 Kasım'daki Milli Güvenlik Kurulu toplantısında son şekli verilecek..
Öte yandan genel sekreterlik şeffaflaşma yönünde iki önemli proje üzerinde çalışıyor. Bunlardan biri MGK Genel Sekreterliği sözcülüğü kurulması. Diğeriyse kurumdan talep edilen bilgilerin verilmesi. Genel sekreterlik yazılı sorulara yanıt vermeyi ve çalışmaları hakkında kamuoyunu bilgilendirmeyi amaçlıyor.