Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer, af yasasının şimdi de Anayasa'da öngörülen yeterli oy sayısı ile kabul edilmediği gerekçesiyle Anayasa Mahkemesi'ne başvurdu. Anayasa Mahkemesi'ne beşinci iptal başvurusu yapan Sezer, yasanın Haluk Kırcı ve Mehmet Ali Ağca'nın da yararlanıp yararlanmayacağı tartışılan ‘‘Çekilmesi gereken cezadan yapılacak 10 yıllık ceza indirimini’’ düzenleyen maddesinin ‘‘yürürlüğünün durdurulması’’ ve iptalini istedi. Kırcı ve Ağca'nın avukatları, 1991 affından yararlanan ve idam cezaları on yıla indirilen müvekkillerinin yeni af yasasından yararlanmaları için de mahkemeye başvurmuşlardı. Sezer altı sayfalık başvurusunda, bu yasanın şartlı salıverme değil ‘‘Toplu özel af Yasası’’ niteliğinde olduğunu ve Anayasa gereği beşte üç çoğunluk olan 330 oy sağlanmadan çıkarıldığını bu nedenle de iptali gerektiğini iddia etti.